内部审核与外部审核有着本质区别。组织应按照策划的时间间隔实施内部审核，时间间隔的策划需基于组织质量管理体系的实际运行状况，并能够适应其有效运行的需求，如法律法规要求、组织管理要求、顾客及相关方期望，同时应结合组织产品与服务形成及提供的具体实际。内部审核程序应由组织依据审核的基本原理及自身特点自行制定。内审流程应力求简明可行、严谨完整，并实现闭环运行。审核步骤通常如下：
一、审核策划
依据内部审核程序规定，制定年度审核计划。经管理者授权成立审核组，由审核组长制定专项审核活动计划，准备审核工作文件，并下达审核通知。工作文件的准备主要包括审核所依据的标准和文件、现场审核记录表、不合格报告等。所采用的标准和文件必须是有效版本，且已在实际现场中贯彻实施。主要包括：
a) ISO 9001标准；
b) 质量手册、程序文件、质量计划和相关记录；
c) 合同要求；
d) 社会要求（包括有关法律法规、卫生、生态等方面的要求）；
e) 相关质量标准（涉及产品、设备、材料、环境、方法、人员等产品及资源性标准）。
检查表是审核员需重点准备的文件，应精心策划其内容。
审核通知旨在由审核组向受审核方明确具体的审核日期、安排及要求，必要时受审核方应准备基本情况介绍。
二、审核实施
以首次会议为标志，正式启动现场审核。审核员运用各类审核方法和技巧，收集审核证据，形成审核发现，进行分析判断，开具不合格项报告，并以末次会议结束现场审核。审核组长应对审核全过程进行有效控制。
三、审核报告
现场审核结束后，应编制并提交审核报告。相关工作包括：审核报告的编制、批准、分发、归档，以及考核奖惩的落实；同时，应提出纠正、预防和改进措施，明确其确认方式及分层分步实施的要求。
四、跟踪审核
应加强对审核所涉及区域、过程及其纠正措施实施情况的跟踪验证，并在紧接着的下一次审核中，对措施的实施效果进行复查和评价，将结果写入报告，实现审核闭环管理，从而推动持续的质量改进。在任何组织中，内部审核所带来的真正价值，最终源于“自身”的审视与改进。
